As guerras religiosas são combatidas em nome da religião, e é terrivel como elas são frequentes na história.
Não consigo pensar em nenhuma guerra que tenha sido combatida em nome do ateísmo.
Como poderia?
Uma guerra pode ser motivada pela ganância econômica, pelo preconceito étnico ou racial, por ressentimentos profundos ou vingança, ou pela crença patriótica no destino de uma nação.
Um motivo ainda mais plausível para uma guerra é a fé inabalável de que a religião que se possui é a única verdadeira, reforçada por um livro sagrado que condene à morte de forma explícita todos os hereges e seguidores de religiões rivais, e que prometa de forma explícita que os soldados de Deus irão direto para o paraíso dos mártires.

O perigo da fé religiosa é que ela permite a seres humanos normais colher os frutos da loucura e considerá-los sagrados. Como cada nova geração de crianças aprende que as proposições religiosas não precisam ser justificadas, como todas as outras precisam, a civilização ainda está sitiada pelos exércitos dos irracionais.
Estamos, agora mesmo, nos matando por causa de literatura da Antigüidade. Quem diria que uma coisa tão tragicamente absurda seria possível?
Por outro lado, por que alguém iria à guerra em nome da ausência de fé?